Территориальный орган Росздравнадзора действует в соответствии с "Положением о Территориальном органе Федеральной службы по надзору в сфере здравоохранения по Магаданской области", утвержденным приказом Федеральной службы по надзору в сфере здравоохранения (Росздравнадзора) от 06.06.2013 №2329-Пр/13.
Территориальный орган Росздравнадзора руководствуется в своей деятельности Конституцией Российской Федерации, федеральными конституционными законами, федеральными законами, указами и распоряжениями Президента Российской Федерации, постановлениями и распоряжениями Правительства Российской Федерации, международными договорами Российской Федерации, нормативными правовыми актами Министерства здравоохранения Российской Федерации, Положением о Федеральной службе по надзору в сфере здравоохранения, актами Росздравнадзора и Положением о Территориальном органе.
